1、归属部门
科技型中小企业
科技型中小企业的管理部门主要是工信部，具体由工业和信息化部火炬高技术产业开发中心负责服务平台和信息库建设与运行的日常工作。科技型中小企业的评价工作采取企业自主评价、省级科技管理部门组织实施、科技部服务监督的工作模式 。
创新型中小企业
创新型中小企业的评价工作由工业和信息化部负责宏观指导、统筹协调和监督检查，并推动出台相关支持政策，发布相关评价和认定标准。具体的评价工作，由企业按属地原则自愿登录培育平台参与自评，省级中小企业主管部门负责组织对企业自评信息和相关佐证材料进行审核、实地抽查和公示 。
2、发展重点
科技型中小企业
科技型中小企业发展重点在于技术研发和成果转化，更偏向于通过研发提升科技水平，增强产品的市场竞争力。
创新型中小企业
创新型中小企业发展重点在于创新，不仅要重视研发水平，还要重视市场创新、管理创新、品牌创新等方面的探索和实践，以实现企业的多元化发展和全面升级。
3、政策支持
科技型中小企业
科技型中小企业扶持政策侧重于科技研发和成果转化，政府会提供一定的资金扶持、税收优惠等政策支持，鼓励企业加大研发投入，提高技术水平和创新能力。
创新型中小企业
创新型中小企业扶持政策支持更加全面，政府不仅关注企业的技术研发能力，还关注企业的市场竞争力、品牌影响力等方面的发展。因此，扶持政策包括资金扶持、税收优惠、市场开拓、品牌建设等多个方面。
4、直通车认定条件
科技型中小企业
高企：企业拥有有效期内高新技术企业资格证书;
科技奖：企业近五年内获得过科技奖励，并在获奖单位中排在前三名;
研发机构：企业拥有经认定的省部级以上研发机构;
标准：企业近五年内主导制定过国际标准、国家标准或行业标准。
创新型中小企业
科技奖：近三年内获得过、省级科技奖励;
荣誉：获得高新技术企业、技术创新示范企业、知识产权优势企业和知识产权示范企业等荣誉(均为有效期内);
研发机构：拥有经认定的省部级以上研发机构;
股权融资：近三年内新增股权融资总额(合格机构投资者的实缴额)500万元以上。
5、有效年限
科技型中小企业
公示无异议和经核实排除异议的，由省级科技主管部门赋予科技型中小企业入库登记编号，科技型中小企业入库登记编号自取得当年全年有效。
创新型中小企业
经公告的创新型中小企业有效期为三年，每次到期后由企业重新登录培育平台进行自评，经省级中小企业主管部门审核(含实地抽查)通过后，有效期延长三年。
6、非直通车认定条件
科技型中小企业
科技型企业申报三大指标如下：科技人员指标、研发投入指标、科技成果指标
创新型中小企业
创新型中小企业申报三大指标：创新能力指标、成长性指标、专业化指标
