微波杀菌技术由于所需时间短，因而可以很大程度的保持食品的营养成分，且杀菌效果显著，可以使食品不使用防腐剂而延长保存期。由于其优于传统的食品加工方法，微波杀菌技术最近越来越受到人们的重视，在食品行业中得到许多应用。
微波杀菌在具体食品中的研究和应用已有很多相关报道。昆明理工大学张博士等人用微波处理鲜牛奶30秒，就可以达到细菌总数的质控标准；处理90秒后则可以将大肠杆菌等彻底杀灭，且保存3天后仍未见细菌生长，不仅其营养成分保持不变，而且经微波处理作用后，牛奶中的脂肪球直径变小，增加了奶香味，提高了产品的稳定性，有利于营养成分的吸收。
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