1、化学方法：原理是根据水垢一般为碱性物质的特点，用稀盐酸把水垢溶解掉，最后再利用清洗冲洗干净即可。具体清洗方法是：先制作稀盐酸溶液，将5－10KG盐酸加入100KG水中，稀盐酸槽放在冷却器最底部，底部接一个皮管到小水泵，水泵与清洗的冷却器通道构成回路循环。水泵开动后用稀盐酸溶液进行循环清洗，一般清洗6小时左右。若是冬季清洗，可把溶液加热到70－80℃，以加快清洗速度，提高清洗效果。稀盐酸溶液清洗后，排除液体，然后用清水冲洗。
利用此方法清洗时请务必注意两个方面： 1.1、稀盐酸的浓度不宜太高，否则会对相关金属部件造成腐蚀； 1.2、为了防止残留稀盐酸对金属部件造成腐蚀，清洗之后可再用5%的苏打溶液循环清洗10分钟，最后用清水冲洗干净。
2、物理方法：又称机械方法，就是利用铁丝刷或用铁丝扎布条在双螺杆空压机的冷却器管道内部来回地拖动，把管内的水垢消除掉。
