政府审批部门不同
1、高新技术企业认定由各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门联合评审；
2、软件企业由地方科委或科技厅负责评审。
、有效期限和年审规定不同
1、高新技术企业有限期为三年，三年复审，第六年重新认定。拟认定的高新技术企业每年按照相关规定报统计和科技委备案，同时在地方企业所得税减免所办理减免备案。
2、软件企业实行每年年检，根据软件企业管理办法规定的指标和资料，提供相关资料，每年的六月份之前办理软件企业年检，如果通过了，可以享受上一年度的企业所得税减免，如果没有通过，不能最享受企业所得税减免。
所享受的企业所得税优惠不同
1、高新技术企业认定后，在地方税务局备案后，企业所得税为15%，减免10%。企业需要每年在税务局做高新技术企业备案，通过后，才能享受到优惠政策。
2、软件企业认定，在税务局备案后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。享受完五年优惠后，不再享受任何企业所得税优惠政策（包括高新企业优惠政策），企业所得税按照25%征收。
