獭兔选种的目的，是要把优质高产、适应性强、繁殖性能高、遗传性稳定、生长发育快、体质健壮和抗病力强、皮毛质量优良、毛色纯正、外貌特征明显的成年公、母兔选作种选繁殖。相反，进行淘汰。选种较为常用的方法，有个体选择和家系选择等几种。
一、个休选择
根据个体表型值进行选种。即选择生长发育快，体型大，部位均称，被毛品质好这些性状。使用个体选择将性状特征明显的留作种用，以便把这些特性遗传给后代。对被毛品质的选择，应选、留毛色纯正、毛细、毛密、毛短、毛平齐、针毛少的优良个体作种用，能较有效地把优良性状遗传给后代。总之，獭兔选种要向体型大、毛色纯正和毛质细、密、丰厚、平齐方面发展。
二、家系选择
以一个家系为单位，选出家系均值较高的留作种用。家系是指同父同母的全同胞家系和同父异母或同母异父的半同胞家系。全同胞家系选择，如有五窝后代都是同父同母，它们间的关系是全同胞关系。五窝都来自不同父母，即称作五个家系。若想从五个家系中选出产仔数量的留种，就要挑选出那个平均产仔的家系，将其留种。半同胞家系选择也是这个道理，不同的是半同胞家系数量大，选择余地大，更有利于严格选种。
獭兔的家系选择，对产仔数、仔兔成活率、泌乳力等繁殖性状选择效果好。獭兔的全同胞或半同胞后代数量多，如家系太少，容易造成近亲。若近亲程度很深，为了缓解可不使用家系而使用个体选择。
