一、节约能源：常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。相比而言，一般可节电30-50％。
二、均匀彻底：常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温
度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底。
三、便于控制：微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。
四、设备简单，工艺先进：与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。 烟台凯尔微波系统有限公司生产的微波杀菌设备对细菌、霉菌、酵母、真菌和酶具有的杀灭作用是公认的，目前对于微波杀菌机理大致有热效应和生物学效应(非热效应)两种说法。前者认为微波能在微生物体内转化为热能，使其本身温度升高，从而使体内热蛋白质发生热凝固致死。而后者认为除了热效应之外，更主要的是其生物学效应加速了微生物的死亡过程。
在物料对温度及加热时间（耐热性）允许的前提下，适当延长辐照时间，将有利于强化杀菌效果，同时也能使物料加热状态均衡，因此能有足够的时间借助热传导使物料内外温度差异减少。用频率、功率为连续可调的微波设备，对调味海带（塑料复合袋装）、啤酒、酱油（均为玻璃瓶装）作杀菌处理，结果表明：调味海带经微波辐照40~120s后，大肠杆菌完全被杀灭；啤酒则需150~180s，酱油则需120~170s，与传统加热杀菌相比，调味海带经微波辐照2min 的杀菌效果与蒸煮加热处理30min的相当，而酱油经微波辐照2min的杀菌效果将好于水浴加热4min的效果，并且经对酱油的理化指标和还原糖、氨基酸等成分分析，其等级均有所提高。
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