医院一般分为综合性医院和传染病医院两大类。医院污水就其污染物的种类及浓度与城市粪便污水相近，但并不完全一致。除含有大量病源微生物，寄生虫卵如蛔虫卵及各种病毒如肝炎病毒、肺结核菌核痢疾病等外，还含有大量污染物如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂等。其中有机物质约占污染总量的60％左右，不溶解物质约占总量的40％。
医院污水的主要污染物包括病原性微生物，有毒有害的物理化学污染物和放射性污染物。因此要综合考虑对各污染物的去除达到要求的工艺。
医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
一级强化处理: 医院污水的一级强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺,加强处理效果的一级强化处理适用于处理出水最终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院。
二级处理工艺: 二级处理工艺流程为“调节池→生物氧化→接触消毒”
简易生化处理工艺: 简易生化处理工艺的流程为“沼气净化池→消毒”
