玉米秸秆含糖量较高，比较容易青贮，所以青贮玉米秸秆饲料就是我们常见的食用牛与奶牛、羊养殖中的最重要的青贮饲料，如果制作不好或者后期管理不到位，则会导致青贮饲料打开取用后出现自身发热、发霉变质现象，从而导致一定的损失。造成这种现象有以下几种原因：
首先，为了尽可能多的增加收成量，打玉米秸秆的时候总是切割的过低。其实，玉米秸秆部几乎没有什么营养了，牲畜也很难以消化，而且是最脏的部分。其次，如果玉米秸秆切碎太晚的话，植物有机部分会完全死亡，而枯死的植物产生出酵母菌与霉菌等有害菌体，会随同青贮料一起进入青贮窖。由于这些原因，青贮饲料发霉变质不可避免。玉米秸秆铡的过长不利于压实。如果压实工作没有做好，二次发酵也就不可避免。或者在后期取料饲喂过程中没有管理，比如开窖的时候挖取横断切面过大，持续接触空气，也会造成青贮料营养大量损失，从而严重降低青贮饲料品质，进而影响家畜采用量、健康状况以及生产性能。首先取消后的横切面二次发酵的趋势，接着霉菌的渗透侵袭逐渐向堆积深处蔓延。特别是那些醋酸(乙酸)含量极少、相对干燥的青贮，青贮制作填料难以充分压实，这种现象尤其普遍。
当所用收割设备产能非常高时，导致待储存原料运送较快，从而使得装窖时不能做到紧实的碾压，由此产出需氧不稳定的青贮的可能性将会大大增加。随之饲料垛中空隙也较多，青贮发酵过程中产生的二氧化碳容易重新流走漏出，从而使氧气进一步往更纵深渗透，发酵所需厌氧环境被破坏，就会引起人们常说的青贮后的二次发酵，产热。开窖后如果青贮料不能短期用完，揭开面大小和取料厚度与饲喂牲畜的每日所需使用量比例不一致，致使取用速度过慢，表面暴露持续，这种因空气作用发酵二次发酵结果会使青贮饲料变质的问题进一步恶化。
若有更长的空气作用则霉菌也会参与分解乳酸。随着乳酸含量的减少，青贮PH值随之升高，结果又给其他有害微生物提供了适宜生长的条件，这便加速了温度的升高，青贮料腐败进程开始，营养成分被进一步分解，有害细菌(肠杆菌、梭菌与李斯特菌等)潜在危险增强，并且霉菌活动更有可能产生有毒的代谢产物(真菌毒素)。这些都严重影响了青贮饲料质量并最终使去青贮饲料不宜饲喂动物。
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