豆制品废水处理的厌氧生物处理工艺有：厌氧滤床（AF）、厌氧流化床（AFB）、上流式厌氧污泥床（UASB）、折流板反应器（ABR）、两相厌氧处理工艺等。
（1）AF工艺：AF处理豆制品废水的填料主要采用软性和半软性材料，处理规模变化大，对豆制品废水具良好的去除效果。有研究指出，采用半软性的盾式填料在处理过程中不易堵塞，生物膜均匀，处理效果优于软性填料。
（2）AFB：中温条件下，AFB处理豆制品废废水的去除负荷率达1810kgCOD•m-3d-1，当COD负荷率保持于1010kg•m-3d-1时，COD的去除效果，达90%以上。该工艺对污染物的降解彻底，SS的去除率高，抗pH冲击能力强，产气率高。
（3）UASB[12～14]：这种工艺处理豆制品废水时启动过程快，易于形成颗粒化的活性污泥；稳定行时，COD去除率保持在80%的容积负荷率达20kg•m-3d-1，产气率达到1016m3•m-3d-1，生产性规模运行时；在HRT2d，温度30～32℃条件下，容积负荷率可达515～715kg•m-3d-1，COD的总去除率达9715%，其抗冲击负荷和低pH的能力也很强。UASB处理豆制品有处理效率高、三相分离效果好、污泥沉降性好的优点。
（4）两相厌氧发酵工艺：采用两相厌氧发酵工艺处理豆制品废水的研究表明，废水经过产酸器，HRT为3h，大部分有机物降解成中间产物，VFA从300mg•L-1上升到2000～3000mg•L-1；出水进入产甲烷器，不同产甲烷反应器的处理效果有所变化。以UASB为例，COD容积负荷率为1017kg•m-3d-1，HRT为28h时，COD的去除率可保持在90%。
豆腐污水处理设备选型与工艺设计非常重要的大豆食品生产过程中的废水排放废水水量在豆腐生产的过程中，产生大量的废水，废水主要来源于水洗、浸泡和带式压滤机过程，另有部分冲洗水废水。各股废水的水量和浓度会随着生产工艺、产品类别、生产习惯等的不同而不同。
我国的豆腐产量大，由豆腐生产而排放大量的废水，废水中的有机物污染物浓度高，对水环境污染严重，现在还没有很好的、专门化的处理技术，对此进行厌氧技术。采用厌氧为主的技术，处理豆腐废水，COD去除率高，操作管理简便，运行费用低，将是一种处理豆腐废水的首选技术。
豆腐生产废水属于豆制品废水，豆制品废水处理方法有氧生物处理、好氧处理、厌氧-氧结合处理等。
好氧生物处理对污染物的去除相当彻底，有研究指出，好氧方法如AB法对豆制品废水的处理效果良好；A段的COD负荷率210kg•m-3d-1左右，HRT610h，B段则分别为013kg•m-3d-1和810h，进水CODcr浓度是6000～7000mg•L-1，出水可低于200mg•L-1。目前，有的小型豆制品厂利用膜生物反应器（MBR）好氧处理此类废水，总HRT为24h，处理后的出水SS小于10mg•L-1，CODcr小于30mg•L-1，NH 42N完全硝化。
采用厌氧与好氧处理相结合的工艺，废水首段经过厌氧发酵，绝大部分有机污染物被降解去除，部分难降解的大分子物质也被转化成小分子中间产物；厌氧出水进入好氧段，采用活性污泥法或氧化塘法处理。高、低浓度废水调节池分开设置，解决废水水量和水质的不均匀性问题，同时在高浓度调节池内设蒸气管，满足中温厌氧反应的要求，在混合调节池内设置预曝气设施，防止悬浮物沉淀和腐败。
在调节池前设置气浮池，将进水中的大部分悬浮物去除，防止调节池表面出现浮渣层。豆制品废水出水温度较高，极易腐败酸化，废水排出车间后，在管道内流动的过程中即已变酸，当到达废水处理厂时，废水的pH可达到5左右。为了防止UASB反应池出现酸化现象，在UASB反应池前设置投加NaOH的装置，调整废水的pH。另外，设置废水回流设施，也可降低废水在UASB反应池内部的酸化作用，同时可改善废水在UASB反应池内的布水条件。
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