关于玉琮的渊源、用途问题，长期以来争论很大。安克斯（Erkes）认为琮是象征地母的女阴，同时其上面的驵纹近似坤卦。高本汉（Berahard.Karlgren）认为琮为宗庙里盛“且”（男性生殖器）的石函。吉斯拉（Giesler）认为琮为家里“中溜”即烟筒的象征，为家中崇拜的对象。郭宝钧认为琮的前身为木质，是织机上的零件。有人还说它是古建筑缩影、是窥测天文的窥管等等。近年来日本学者林已奈夫提出琮应来源于镯，以后逐渐演变为礼器，并在考古发掘中得到了证实，目前学术界已普遍接受这一观点。
有的学者认为，琮作为礼器，最重要的作用是用于礼地。《周礼·春宫·大宗伯》载：“以黄琮礼地”。此外，还具有敛葬的用途，《周礼·典瑞》载：“驵圭璋璧琮琥璜之渠眉，疏璧琮以敛尸”。在考古发现中大量的璧、琮出土于墓葬也证明了这一点。还有的学者认为玉琮是宗庙祭祀时请神明祖先的灵魂降临时的凭依之物，玉琮的中孔是用作神明祖先的灵魂驻留的小屋，祖灵既可从天而降，亦可从地而出，所以中孔自上而下贯穿。
张光直通过对琮形制的研究，并结合文献记载，认为琮不仅仅是用于祭地，而应该是贯通天地的重要礼器。首先，古人认为璧圆像天故以之礼天，琮方像地故用来礼地，而实质上琮的形制是方、圆结合的，琮最显著也是最重要的特征就是圆方贯串起来，因此专从形状上看“我们可以说琮是天地贯通的象征，也便是贯通天地的一项手段或法器”。而且这也可以解释为什么同样是祭祀重器的玉璧均为素面，而玉琮则多通体遍饰兽面纹饰，以为作为一个传统，巫师通天地的工作必须受到动物帮助。例如《道藏》录的一篇《太上登真三矫灵应经》中讲龙、虎、鹿三矫，能助修道士“上天入地，穿山入水”，东晋葛洪《抱朴子》亦载乘虎矫“可以周游天下，不拘山河”，这在良渚玉琮上的神人兽面神徽上也已显示出来。有的学者的观点和张光直的认识类同，认为玉琮是中国古代宇宙观通天行为的理想的象征物，是图腾制度的产物，是纯巫术与宗教的神器，同时也是权力地位的象征，只有贵族和有地位的人才能拥有玉琮。其设计与制作应是在巫术的冲动和宗教信仰的驱使下进行的。在远古先民的宇宙观中，世界被分成天地人神诸多不同的层次，宗教人物的一个重要任务就是沟通这些不同的层次。良渚文化玉琮的外方内圆，代表了天圆地方的观念，中间的穿孔表示天地之间的沟通，从孔中穿过的棍子就是天地柱。琮上的许多动物图像表示巫师通过天地柱在动物的协助下沟通天地。
玉琮拍卖成交价格
古玉琮 50-56万 50万
元代以前 玉琮形勒子 38-45万 42.55万
战国 玉琮 35-45万 38.5万
良渚文化时期 兽面纹玉琮 30-40万 30.8万
良褚文化 兽面纹玉琮 30-40万 30万
明代以前 玉琮 25-35万 28.75万
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