建设水质自动监测站，其主要功能是对江河湖泊水质实时连续监测和远程监控，掌握东图片111.jpg湖水体水质状况及动态变化趋势，对江河湖泊水质状况实行预测预报，及时预警预报东湖的水质突发事件。自动监测还能减少或消除手工误差，提高测定精度，科学地评价评估东湖水质状况和水污染治理的成效。
江河湖泊水质自动监测站的监测项目主要包括：水质常规项目、有机污染监测、营养盐监测以及重金属项目。具体为PH酸碱度,溶解氧、电导率、水温、浊度，高锰酸盐指数、氨氮、总磷、总氮、铅、镉。叶绿素、生物毒性等项目的监测。
叶绿素a和蓝绿藻连续自动监测，可提供水中藻类生长的连续记录，作为藻类爆发的早期监测，用于预测藻类生长状况和水体营养状况，实时监测蓝绿藻数量，可预警“水华”的爆发、跟踪引起水中产生异臭味的生物以及研究生态系统等。
总磷总氮的连续自动监测， 便于实时掌握江河湖泊水体中总磷总氮的含量，为控制水体富营养化、改善水质提供服务。
重金属连续自动监测，能够早期诊断江河湖泊水环境中重金属污染状况，控制重金属对水生生态的危害。重金属具有亲脂性、高富集性和难降解性，进入水体后容易在水生生物体内积累，增加重金属的潜在危害，水体中的重金属还能对生物产生显著毒害作用，东湖水质首次实行生物毒性连续自动监测，能够在很短的时间内迅速得出水质毒性的综合信息，并且与部分污染物呈现很好的相关性，能够很好的进行水质应急和预警监测，为水质安全保障做好服务。
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湖泊水环境与水生态：研究鄱阳湖氮磷等污染物的迁移、转化、降解过程，赋存形态、时空分布特征及其与湖泊水文水动力条件变化的关系；开展湖泊富营养化发生主控生态与环境因子及对湖泊富营养化过程影响的原位监测和实验研究；探讨鄱阳湖浮游与底栖生物及沉水植被时空分布特征、浮游和底栖生物种群结构及优势类群变化对湖泊营养水平和水文水动力条件的响应机理，评估不同水情条件下湖泊蓝藻水华发生风险。包括湖泊营养盐迁移转化与水文水动力影响机制、湖泊富营养化过程与机理、湖泊生态系统结构、功能演替三个方面。
湿地水文生态过程与生物地球化学循环：研究不同水位梯度下湖泊洲滩湿地植被高程分布结构特征及水位周期性变化对湿地生物结构与生态类型的影响及自适应机理；基于典型湿地大气、水文、植被与土壤等关键水文生态要素及相互之间物质交换通量的定位观测，探讨不同湿地植被群落对污染物降解功能及湿地生态系统碳、氮、磷、硫等生源要素生物地球化学循环过程的影响。包括湿地分布格局与演替、湿地水文生态过程和湿地元素生物地球化学循环三个方面。
江河湖关系与湖泊水文水动力：研究不同水文年鄱阳湖流域五河入湖和长江来水不同水文情势组合条件下鄱阳湖与长江水沙营养盐交换关系以及鄱阳湖水位、水量及水动力场时空分布特征；分析评估长江三峡和流域五河大型水利工程建设对鄱阳湖水文水动力的影响方式与程度；研究鄱阳湖区干旱与洪水极端事件变化规律及其气候、三峡工程及湖泊演变等要素复合影响机制与调控途径，模拟鄱阳湖流域物质的产出与输移规律。包括江湖关系变化与机制、湖泊水文水动力演变和湖区干旱、洪水极端事件演变与调控和湖泊流域物质产出与输移模拟三个方面。
水化学实验室：主要包括便携式多参数水质分析仪（YSI 6600V2、YSI EXO,OTT Hydrolab，ISCO AQ702）。
水文湿地实验室：配备有流速仪(SL-500)，水位仪(OTT RLS,CSI CS477)。
气象观测仪器：包括自动气象观测站、满足国家气象观测规范和CERN规范的人工气象观测仪器。主要为：气象观测避雷系统一套；自动风速风向、太阳辐射、气温、湿度系统一套电接风向风速仪一套；毛发湿度计一套；口径30厘米蒸发皿一个、E601蒸发器一个；翻斗式自记雨量计一套；百叶箱两个（装有高低温度计、气压计等监测仪器）；地温观测仪器一套等。
