在随后的岁月中,这些生物遗体中的有机质剖析殆尽,坚硬的部门如外壳、骨骼、枝叶等与困绕在周围的沉积物一起经由石化酿成了石头,可是它们原来的形态、结构（甚至一些细微的内部结构）依然保留着；同样,那些生物生涯时留下的痕迹也可以这样保留下来。
我们把这些石化了的生物遗体、遗迹就称为化石。从化石中可以看到古代动物、植物的样子,从而可以推断出古代动物、植物的生涯情形和生涯情形,可以推断出埋藏化石的地层形成的年月和履历的转变,可以看到生物古往今来的转变等等。
脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学成分和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而保存下来。
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之所以化石能保存得这样完美，史恭乐表示，在1.1亿年前，蒙古早白垩世的这个地层为一片沼泽，它应该是遇到了一种特殊的灾难，使得大批植物因为“机缘巧合”与空气快速隔绝，在沼泽地环境中被迅速埋藏“封存”，形成了化石。
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