目前市场上的火龙果苗品种特别多，分为红肉，白肉，和黄龙果三个大品种，在这三个品种下面还分为许多，栽培品种良莠不齐，品质差异大：火龙果品种很多，而且品质、产量差异极大，鱼龙混杂，不利于推广。
例如越南白品种产量高，但含糖量低，风味淡、品质差;血白品种品味佳，但产量太低;红肉品系品种多，售价高，但多数与白肉品种授粉不亲和，产量太低;黄皮品系品种含糖量高、品质优，市场潜力大，但对砧木的依赖性特强，生长缓慢，产量极低，发展不成熟。
目前生产上综合性状好、比较成熟的品种是台湾大红系列红心火龙果。而生产品种选择、种苗的引进尚不规范，渠道复杂，同时人们对火龙果的专业知识了解又少，因而盲目引种现象普遍存在，就出现了结果少、品质差、甚至部结果的现象，高投入不能高产出，更使人们对火龙果的品质产生误解，不愿消费和生产，挫伤了北方设施栽培的积极性。好项目，没有好回报。
