本病病原是艾美耳球虫，有多个种。球虫卵囊内的胚孢子形成两个孢子囊，每个孢子囊内含有4个子孢子。球虫卵囊在阴冷潮湿的土壤中，可以维持其生命力达1年多。球虫的发育比较复杂，卵囊在外界环境中要经过孢子生殖发育成感染性卵囊，鸵鸟食入和饮用了被感染性卵囊污染的饲料和饮水后在机体的肠上皮细胞内进行裂体生殖和配子生殖。其中在裂体生殖阶段，裂殖体在肠上皮细胞中大量增殖，使小肠细胞不断遭到破坏。这是被感染的发病阶段。崩解的上皮细胞产生毒素，引起自体中毒。
球虫卵囊对外界环境和消毒药有很强的抵抗力。但于干燥的空气中很快死亡(几天之内)。温度55℃经15分钟被杀死，在水温80℃时10分钟被杀死，100℃时5秒即被杀死。用2%氢氧化钠可杀死地面和用具上的球虫卵囊。
流行病学特点
鸵鸟的感染途径是经消化道感染，即吞食了被孢子化卵囊污染的食物和饮水，或吞食带球虫卵囊的苍蝇、鼠类均可发病。本病广泛存在于鸵鸟群中，雏鸟比成年鸟的易感性高，幼鸸鹋体内常可检到球虫。家禽的球虫病一般不传给鸵鸟。
此病一年四季均可发生，潮湿、温暖的场所最有利于卵囊的发育。因此，拥挤潮湿、卫生条件差、饲养管理不善的鸵鸟场最易造成球虫病的流行。
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