商标许可合同如果不备案，并不影响该合同的有效成立，但是如果同一个商标权利人将商标同时独占许可给两个公司使用时，那么进行了备案的那份独占许可合同会被法律支持有效，而另一份独占许可合同因为事实上无法履行，被许可人只能要求商标权利人承担合同违约的责任，而不能要求继续履行独占许可合同。
另外，对于许可人来说，商标许可合同备案后，在估算该商标的无形价值时，备案后的许可合同其真实性、价值性要远远大于没有备案过后的商标许可合同。在企业申请著名商标、驰名商标时，备案的许可合同作为证据时，作用一般都远远大于没有备案的许可合同。
