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区别一、“工商部门强制检查”变为“企业自主申报公示”
企业年检制度从本质上讲，是工商部门核发营业执照之后，定期对企业的登记事项执行情况进行监督检查的一种法定制度，检查内容、检查程序、检查要求等方面都是法律法规明确规定的，企业必须接受年度检查，否则属于违法行为将被处罚。
年度报告制度则是企业自行通过信用信息公示平台填报资料，工商部门对填报内容不审查，所有填报内容通过公示平台向社会公示，企业对其填报内容的真实性、有效性负法律责任。
区别二、从“提交书式材料”变为“全程电子报告”
年检时，企业法人要提交年检报告书、财务报表、审计报告、许可证复印件、分支机构复印件、营业执照副本、法定代表人委托书等多项书面材料，这些材料在年检通过后存入企业登记档案。材料多，要求高，最少也有10多页。有些股份公司、集团公司的材料，年检材料多达200、300多页，这些材料还需法定代表人签字确认，加盖公章等。
年度报告则全部在网上操作，企业只要登录信用信息公示平台填写，保存提交后即可。无需纸质材料，无需法定代表人签字，无需加盖公章，省时省力省心。企业与工商管理人员不见面、不审查、不收材料，因此原先有反映的年检搭车收费、年检难现象将不复存在。
区别三、从“事前依法规范”变为“事后抽查监督”
工商部门以年检的方式，相当于是给企业做一次“体检”，看看企业是否生病健康出问题，有状况的直接治疗，治好了才能出院。是一种事先发现、事先防范的管理方式。
实施年度报告制度后，企业报告内容的真实性、合法性由企业自行负责，但如何能防止企业乱填乱报，隐瞒真实情况呢这次改革中启用了“年度报告抽查”的管理方式，对年报后续监管以随机抽查和举报核查两种检查方式相结合，对企业填报公示的内容进行事后核查，发现问题依法纠正，对弄虚作假的企业采取相应监管监控措施并向社会公示。
区别四、从“罚款吊照处罚”变为“异常名录公示”
年检制度规定，企业不参加年检的，工商部门将责令改正并处以罚款(其中公司为1万元以上10万元以下)，经责令改正拒不接受年检，吊销企业营业执照，处罚规定非常严格。
实施年报制度后，企业不按规定进行年报的，列入经营异常名录，如之后又补报的，可以申请从名录中移出。连续三年以上不履行年度报告义务的，列入严重违法企业清单。这类列入经营异常名录和严重违法企业清单的企业向社会公示，提供社会公众查询，相关政府部门在政府采购、工程招投标、授予荣誉等工作中采取限制或禁入等约束措施
