随着过滤过程的不断进行，滤袋外面所附积的粉尘不断增加，从而导致袋式除尘器本身的阻力逐渐升高。当阻力达到预先设定值时，清灰控制发出信号，首先令一个袋室的提升阀关闭以切断该室的过滤气流，然后打开电磁脉冲阀，压缩空气由气源顺序经气包、脉冲阀、喷吹管上的喷嘴以极短的时间（0.065-0.085秒）向每条滤袋喷射。压缩空气在箱内高速膨胀，使滤袋产生高频震动变形，再加上逆气流的作用，使滤袋外侧所附尘饼变形脱落。在充分考虑了粉尘的沉降时间（保证所脱落粉尘能够有效落入灰斗）后，提升阀打开，此袋室滤袋恢复到正常过滤状态，而下一袋室进入清灰状态，如此直到最后一袋室清灰完毕为一个周期。由于除尘器是由多个独立的室组成的，清灰时各室按顺序分别进行，互不干扰，实现长期连续运行。上述清灰过程均由清灰控制器进行自动控制，分为定时和定阻力两种方式，可根据用户的要求决定采用哪一种。
