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(一)因包装发生的环境变化对食品徽生物的影晌
食品经过包装后能防止来自外部微生物的污染，同时包装内部环境也会发生变化，其中的微生物相应也会因此而变化。以肉为例，生鲜肉经包装后其内部环境的O2和co2的构成比例不断发生变化，这是因为食品中微生物及肉组织细胞的呼吸使O2减少、co2增加，包装内环境的气相变化反过来又会影响食品中的微生物相，即需氧性细菌比例下降.厌氧性细菌比例上升，雷菌的繁殖受抑制而醉母菌等却在增殖。在包装缺氧状态下.食品腐败产物为大量的有机酸，而在氧气充足的条件下食品腐败时多产生氮和O2，C02。
(二)包装食品可能引起的徽生物二次污染
如前所述，大部分市售包装食品都含有一定数量的徽生物，如果把这些常见徽生物都当作污染来处理是不现实的，但弄清在流通过程中食品所含的细菌总数或明确其菌群组成，不仅有利于从徽生物学角度查明食品腐变等质量事故的原因，且对包括加工、包装工艺在内的从食品制造到消费的整个流通过程中的微生物控制有实际的指导意义。
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微生物对包装食品的污染.可分为被包装食品本身的污染和包装材料污染两方面。在食品加工制造过程中的各个工艺环节.如果消毒不严或杀菌不彻底，在产品流通过程各阶段的处理，特别是在分装操作中。如果徽生物控制条件欠佳等，均有二次污染的可能。随着货架期或消费周期的延长，不仅会大量获猜细荫，也会给繁殖较慢的真苗提供葵延机会。这种现象在防潮或真空充气包装中也常常发生。
包装材料较易发生真菌污染，特别是纸制包装品和塑料包装材料;在包装容器制品的制造和贮运期间，会受到环境空气中徽生物的直接污染和器具的沾污。
就外包装而言，由于被内装物污染、包装操作时的人工接触、粘附有机物或吸湿或吸附空气中的灰尘等都能导致真菌污染。因此，如果包装原材料存放时间较长且环境质量又差，在包装操作前若不注意包装材料或容器的灭菌处理，包装材料的二次污染则成为包装食品的二次污染。
