土壤菌肥不匹配。土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有真菌、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥，碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助作物利用以其他状态存在的氮素养分。酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等，含有这类菌种的菌肥施在板结、透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活，施肥效果可想而知。
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土壤理化性状恶化。菌肥中的菌种赖以生存的条件是有机质，但当前80%以上的果园、大田、菜地等都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件，不能繁衍生存，大部分死亡，这也是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
对菌种不了解。菌肥作为一种新型肥料，对农民来说是个盲区。每种菌肥有它独特的属性和作用，果农要不断学习。如同为芽孢杆菌，球状芽孢杆菌、乳状芽孢杆菌是细菌杀虫菌，后者更长效；枯草芽孢杆菌是真菌，能有效防治根系周围的真菌，使作物免受侵害；地衣芽孢杆菌是细菌性防病菌；EM菌抗重茬。
施用温度和方法不对。低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种会被烧死，所以，地温5℃～35℃内施用菌肥才有效。有机菌肥要单独施用，不要和大化肥（氮、磷、钾）混合施用。正确的施肥方法应该是采取放射性沟施，挖30厘米宽、25～35厘米深的沟，先施入大化肥，填一层10厘米左右的土，再施菌肥。这层隔离带减少了大化肥水溶下渗后杀死菌种的机会。
土壤中有机物不足。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。以果园为例，可以进行生草制，即草长15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次，提高果园腐殖质的含量；3～5年施一次发酵好的牛、猪、羊、鸡、兔等家畜禽粪，为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质。这样不仅为果树生长提供中、微量元素，还可以减少小叶、黄叶等生理病害的发生。
几款种植中常用的生物菌种：如益富源em菌种通用型、种植专用em菌种、生物菌肥发酵、秸秆腐熟剂、粪便腐熟菌种、微生物土壤消毒液、土壤改良剂等都的微生物益生菌。
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