霉菌可以造成消化道和呼吸道的一系列问题。霉菌主要通过食物进入鸡体，在一线主要表现在消化道类疾病，是腺肌胃炎，小肠球虫，滑液囊支原体的诱因之一。
诱发腺肌胃炎：
鸡的胃功能退化，霉菌容易在肌胃附着滋生，造成及胃溃疡。肌胃溃疡引起的疼痛感，会导致鸡食欲减退，采食量下降，鸡逐渐消瘦，进而诱发其他疾病。
诱发小肠球虫：
霉菌产生的T-2毒素等，会造成肠道黏膜受损，出血。当肠道黏膜被破坏，给球虫虫卵的附着，提供条件，随着球虫的繁殖，肠道黏膜的进一步破坏，魏氏梭菌也开始进行破坏，导致鸡出现肠毒综合症。
当有霉菌的时候，很容易出现球虫控制中，过几天就复发的情况。
诱发滑液囊支原体：
黄曲霉菌产生的黄曲霉毒素等，会造成肝脏出血，肝功能受损，表现出青铜肝；同时会让鸡产生免疫抑制，出现脾脏肿大，这个时候鸡抵抗力下降，导致鸡的滑液囊支原体发病率上升，而且不容易控制。
防治方案：
1 加强管理。
雏鸡前十天，鸡的肠道和肝功能不健全，可以采用少吃勤添的方式，减少饲料在鸡舍的暴露时间，从而减少饲料中霉菌的滋生。十天以后的鸡雏，可以逐渐开始控光控料的管理，就是我们所谓的"按顿吃饭”，减少饲料霉变的危害。
2 脱霉剂的使用。
脱霉剂大多数都是吸附剂，日常添加脱霉剂可以减少饲料中的霉菌，对鸡的伤害。但是脱霉剂并不能保证吸附所有的霉菌，需要养殖户在日常使用脱霉剂的时候，定期使用制霉素片，硫酸铜来配合使用，减少鸡体内的霉菌数量。
3 添加益生菌。
反刍动物受到霉菌影响小于其他动物，主要原因是瘤胃内的微生物会分解部分霉菌毒素，从而减少霉菌毒素对动物的影响。
日常鸡群管理过程中，可以添加益生菌，益生菌在一定程度上可以分解部分霉菌，例如，乳酸菌可以降低黄曲霉毒素的毒性，从而减少霉菌毒素对鸡的影响。
还可以长期喝缤创菌剂，调理肠道，促进吸收，提高饲料转化率。
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