发酵腐熟后的农家肥方能施用。未经微生物发酵剂腐熟的农家肥施入土壤后，微生物会继续在地下分解有机质，与作物争水夺肥，造成肥料的损失，其中氮肥可损失50%。而且新鲜的农家肥中往往含有大量的肠道病菌、寄生虫卵和病毒，如不进行无公害化处理，直接施用后会加重病虫害，同时还会污染环境。
有机肥料的腐熟是通过微生物的活动，使有机肥料发生两个方面的变化，一方面是有机质的分解，增加肥料中的有效养分；另一方面使肥料中的有机质由硬变软，质地由不均匀变得均匀，并在腐熟中，使杂草种子和病菌、虫卵大部分被杀死，从而更符合农业生产的要求。
农富乐菌肥发酵菌种一箱10瓶，可发酵处理20吨粪便；农富乐菌肥发酵液一箱10袋，可发酵处理2.5吨粪便。
微生物有机肥的制作方法：
1） 发酵原料：如谷糠、杂草、人、畜、禽粪便、作物秸秆（切碎）、茎叶、锯末木屑、食用菌基质残渣和饼粕等。
2） 工具：搅拌机；塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）；塑料薄膜；粉碎机（普通农用型）；铁锹。
3） 发酵菌：农富乐菌肥发酵菌液
4） 配比：谷糠、杂草、人、畜、禽粪便、作物秸秆（切碎）、茎叶、锯末木屑、食用菌基质残渣和饼粕等。准备400斤 农富乐菌肥发酵剂1公斤
5） 操作规程：
1.将发酵原料按配比准备400斤，此为发酵原料待用；
2. 将1公斤农富乐菌肥发酵剂倒入30公斤水中稀释搅拌均匀，稀释用水为井水或河水，若为自来水请放置24小时后再用；能够适当的溶解一些红糖在里面效果更佳。
3.如有搅拌机：可以先将发酵原料混合2分钟后，再倒入发酵剂稀释液搅拌6分钟；没有搅拌机：用铁锹搅拌按由少到多的原则，即先将菌液稀释液倒入少量发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块，然后再将搅拌好的少量发酵原料倒入剩余发酵原料中搅拌均匀，直到没有团块；（注意：视发酵原料干湿程度增减稀释用水水量，稀释的菌液用水应是发酵原料的40%左右，拌成以手握成团，指缝见水但不滴水珠，松手即散为好。
注意：水多了易酸，少了发酵不透。如发酵原料较湿，应减少稀释的用水量。）
④ 将混合后的发酵原料放入塑料容器或水泥池（或者土坑垫塑料薄膜）中，最后装满压实，排去空气后用发酵，适宜温度为25-35℃，发酵5-10天（一般夏4天，春秋7天，冬10天），注意温度和时间的掌握，直到没有臭味含有酒味即为发酵成功。
发酵注意事项
1、农富乐菌肥发酵剂是耗氧菌发酵剂，发酵场地建议是露天发酵，有条件的可以增加通风设施。
2、水分控制，一般要求物料水分控制在40左右为宜，水分判断：手抓一把物料，见水印但不滴水，落地即散为宜。水少发酵慢，水多通气差，还会导致“腐败菌”工作而产生臭味。建议：可以补水的方法，就是前期水量少加点，后期翻到的时候再添加。
3、不建议500公斤以下使用，做堆尽量堆高
4、一年四季均可发酵有机肥，但发酵物料启动温度以20℃以上为宜，当发酵物料开始升温，证明发酵开始启动。
5、当温度达到60～65℃左右时，持续1～2天，翻倒物料。翻倒之后做堆，按照这样大概2～3次左右，发酵基本完成。（如果启动温度达不到15℃，可在发酵堆上覆盖草帘或麻布袋等透气性物料，这样有利于发酵升温）
6、避免雨淋曝晒。
发酵有机肥完成标志
1、物料温度维持在一个恒定的温度，不会有大区间的变化。
2、物料的颜色为褐色，如果想要达到黑褐色，可以继续堆制一段时间即可。
3、物料水分会有所下降，一般发酵完成的水分在45%左右。
4、物料体积减小，不易做堆，不易堆高。
5、物料透气性增加，质感松软。
