（一）准备室：准备室用于配制培养基和样品处理等。室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、实验台、电炉、冰箱和上下水道、电源等。
（二）涤荡室：涤荡室用于洗刷器皿等。由于使用过的器皿已被微生物污染，有时还会存在原微生物。因此，在条件允许的情况下，设置涤荡室。室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
（三）灭菌室：灭菌室主要用于培养基的灭菌和器具的灭原微生物分类名录菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌装备及设施。
（四）无菌室：无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的实验室。在微生物事情中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要包管菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在很多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种事情干扰很大。
通常我们在进行实验室之间我们先要了解，如果进行这个实验，发生危险了我们如何自救。特别是微生物实验室，根据病原微生物（指够使人或者动物致病的微生物）的传染性、感染后对个体或者群体的危害程度，将病原微生物分为四类：
第一类病原微生物，是指能够引起人类或者动物非常严重疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物。
第二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重疾病，比较容易直接或者间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物。
第三类病原微生物，是指能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物。
第四类病原微生物，是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物。
当实验室活动涉及传染或潜在传染性生物因子时，应进行危害程度评估。危害程度评估应至少包括下列内容：生物因子的种类（已知的、未知的、基因修饰的或未知传染性的生物材料）、来源、传染性、致病性、传播途径、在环境中的稳定性、感染剂量、浓度、动物实验数据、预防和治疗。
