在国内对待子公司的和分公司在税收上面的待遇是不一样的，有着很多不同的规定，这就为企业或跨国附属企业的组织形式提供了选择空间。
一：注册子公司的好处：
1.在国内同样只负有有限的债务责任(有时需要母公司担保);
2.子公司向母公司报告企业成果只限于生产经营活动方面，而分公司则要向总公司报告全面情况;
3.子公司是独立法人，其所得税计征独立进行。子公司可享受国内给公司提供的包括免税期在内的税收优惠待遇，而分公司由于是作为企业的组成部分之一派住国外，很多的国家大多不愿为其提供更多的优惠;
4.子公司利润汇回母公司要比分公司灵活的多，这等于母公司的投资所得、资本利得可以持留在子公司，或者可经选择税负较轻的时候汇回，得到额外的税收利益。
5.许多国家对子公司向母公司支付的股息规定减征或免征预提税。
二：设立分公司的好处：
1.分公司一般便于经营，财务会计制度的要求也比较简单;
2.分公司承担成本费用可能要比子公司节省;
3.分公司不是独立法人，就流转税在所在地缴纳，利润由总纳税。在经营初期分公司往往出现亏损，但其亏损可以冲抵总公司的利润，减轻税收负担;
4.分公司交付给总公司的利润通常不必缴纳预提税;
5.分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
上述可见，子公司和分公司的税收利益存在着较大差异，公司企业在选择组织形式时应细心比较、统筹考虑、正确筹划。但总体上看两种组织形式最重要的区别在于：
子公司是独立的法人实体，在设立国被视为居民纳税人，通常要承担与该国其它公司一样的全面纳税义务。分公司不是独立的法人实体，在设立分公司的所在国被视为非居民纳税人，只承担有限的纳税义务。分公司发生的利润与亏损要与总公司合并计算，即“合并报表”。
