养殖污水具有典型的“三高”特征，即有机物浓度高COD高达mg/l，氨氮高达mg/l，悬浮物SS超标数十倍；含磷量较高，可生化性一般；臭味大；冲洗排放时间集中，冲击负荷大。
来自养殖场的废水首先进入集水井蓄积水量，然后用泵提升至固液分离机进行分离。养殖污水处理设备的重要部件是固液分离机，它的目的是去除废水中的粪类物料，避免进入后续沼气池，造成沼气池的堵塞，从而导致清理困难和无法使用的后果。在牛粪进入沼气池前进行固液分离措施，既可解决牛粪在沼气池的沉淀问题，极大增强沼气池的处理能力，又可大大减小沼气池、生化池的建设面积。节省环保处理的建设投资和土地使用面积，分离出的牛粪还可直接作为果树、林木施肥和作为有机肥的原料。
固液分离机分离出的废水进入沉淀池，沉淀分离废水中的细小的悬浮颗粒，分离出的沉淀物定期排入集泥池，污水则进入调节酸化池。
系统配置调节酸化池的目的一是调节水量，二是废水预酸化，提高厌氧单元的效率。
废水进入UASB反应器进行厌氧反应，大量去除废水的COD、BOD，将其转化为沼气。UASB反应器的出水进入絮凝反应罐，产生的沼气则经过水封罐，再经过脱硫罐和水封罐进入气柜贮存。沼气通过沼气发电机进行发电，供给废水处理系统用电
