二次污染是指水源经自来水厂净化处理后，在输送到各家各户的过程中产生的污染。主要是一些水管老化出现的铁锈、泥沙、细菌、病毒等杂质和自来水厂氯制剂消毒后的副产物。二次污染的污染源主要有自来水管道、小区二次供水系统和水龙头。
事实上，从出厂到入户，自来水要经历多个环节。二次供水是指单位或个人将城市公共供水或自建设施供水经储存、加压，通过管道再供用户或自用的形式，是城市供水系统(原水供应、制水生产、清水输送、二次供水)四大环节的最后一环。很多时候管网水是合格的，但是二次供水到水龙头环节却出了问题。造成这一环节水质污染的原因有很多，如供水设施产权管理分散、建设标准不统一、设备缺乏定期维护等等让二次供水纠结的问题，自来水公司只不过是“替罪羊”。
小区一般采用楼顶水塔或地下水箱等储水设备进行储水和供水。而水塔或水箱常常没有及时清理，灰尘等杂质堆积。有的储水设备甚至会严重老化、长满青苔，产生大量细菌滋生。
检测项目：
微生物指标：总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希氏菌、菌落总数
感官性状：色度、浑浊度、臭和味、肉眼可见物
一般化学指标：PH 、溶解性总固体、总硬度、耗氧量、挥发酚类、阴离子合成洗涤剂、铝 、铁、锰、铜、锌、氯化物、硫酸盐、氨氮
毒理指标：砷、镉、铬、铅、汞、硒、氰化物、氟化物、硝酸盐、亚硝酸盐、三氯甲烷、四氯化碳、溴酸盐(臭氧消毒时)、甲醛(臭氧消毒时)、氯酸盐(复合二氧化氯消毒时) 、亚氯酸盐(二氧化氯消毒时)
放射性指标：总α放射性、总β放射性
消毒剂指标：游离氯(氯气及游离氯制剂消毒)、总氯(一氯胺消毒) 、臭氧
