聚丙烯酰胺在制药废水处理方法一般为以下几种：物化处理、化学处理、生化处理以及多种方法的组合处理等，各种处理方法具有各自的优势及不足。目前普遍采用的一种水质处理方法，被广泛用于制药废水预处理及后处理过程中，如聚丙烯酰胺、硫酸铝和聚合硫酸铁等用于中药废水等。高效混凝处理的关键在于恰当地选择和投加性能优良的混凝剂。
工业废水处理药剂添加聚丙烯酰胺于悬浮浊粒子的水中时，借着电性的中和及高分子本身所具有的吸附架桥作用，可促使悬浊粒子快速的凝集沉降，而达到分离，澄清的效果，进而提高作业效率，降低操作成本。
处理化肥厂废水时，无论采用何种工艺及方法，大体的处理流程可以分为三步。
第一步：预处理。可以采用格栅过滤、水质水量调节、化学沉淀、上浮、隔油等方法，对化肥厂废水进行初步的净化处理，目的是分离水中的悬浮固体物、胶体物、浮油、重油等杂质。预处理之后，废水中的大颗粒悬浮物、油脂等物质基本清理干净，
第二步：生物法净化。采用生物法对化肥厂废水进行净化处理，是利用微生物的降解作用，可以将废水中的有机溶解物质和胶体物质进行生化降解，可以有效降低水中的氨氮含量及COD等含量。生化法处理之后的废水水质基本可以达标排放，反应池底部的污泥可以加入阳离子聚丙烯酰胺，进行污泥脱水处理，之后这类污泥可以根据实际情况外排或者用在其他行业中。若是水质比较复杂，COD含量、色度等指标没有达标，就需要进行深度净化了。
第三步：深度净化。采用的多是活性炭吸附法、臭氧氧化法、离子交换法、膜分离法等技术，目的是降低废水中的COD含量和色度，吸附水中的臭味、异味等，以及一些微生物难以降解的有机污染物和溶解性无机污染物，彻底将废水净化达标。
需要注意的是，由于各个化肥厂的废水水质、水量、处理标准各不相同，因此，处理时选择的处理方法也存在很大的差异。在整个化肥厂废水处理过程中，用到的净水药剂主要是聚合氯化铝和聚丙烯酰胺。其中，在废水絮凝沉淀工序中，使用的多是聚合氯化铝和郑州天河阴离子聚丙烯酰胺的药剂组合，而在污泥脱水处理中，选择的多是阳离子聚丙烯酰胺。阴离子聚丙烯酰胺和阳离子聚丙烯酰胺在选择的时候，要根据水质情况进行选型。
