反渗透膜污染是导致产水流量下降的主要原因。包括膜的孔道和大分子溶质堵塞引起膜过滤阻力增加；溶质在孔内壁吸附；膜面形成凝胶层增加传质阻力。组分在膜孔中沉积，将造成膜孔减小甚至堵塞，实际上减小了膜的有效面积。组分在膜表面沉积形成的污染层所产生的额外阻力可能远大于膜本身的阻力，而使渗透流量与膜本身的渗透性无关。这种影响是不可逆的，污染程度同膜材料、保留液中溶剂以及大分子溶质的浓度、性质、溶液的pH值、离子强度、电荷组成、温度和操作压力等有关，污染严重时能使膜通量下降80%以上。在系统运行中，膜的污染是一个十分棘手的问题，它的出现造成了反渗透设备的去除率和透水量、膜通量的大幅度下降，同时增加了各段的操作压力，使运行和操作成本升高，严重影响着膜的使用寿命。纯水是指溶于水中的电解质(如SiO2、C02等)，去除或降低到一定程度的水，其电导率一般为：1.0—0.1μs/cm。
根据反渗透的原理和国内外众多实际运行案例，即使反渗透系统设计合理，使得回收率达到比较好，系统产生的浓水比例也得至少占到进水量的25%左右。对于钢铁、化工等行业的用水大户来说，每小时产生的浓水量可以达到上百吨。若作为废水处理后排放，会浪费大量的能源和水资源。所以找到合适的浓水回用途径，实现废水替代部分新水具有重要的现实意义和环境综合效益。从国内外一些工程案例来看，反渗透浓水的回用的方式有很多。大多都需要根据企业自身的生产特点。浓水可以回用于企业内其他合适的车间。也可以代替原先使用的自来水，用作厂区如冲洗、清扫等。近几年，为响应国家节能减排，构建循环经济社会的号召，反渗透浓水回用项目在国内遍地开花，有大量的工程实例可供借鉴。某工厂利用反渗透浓水的压力将其置于高位水箱中储存，再按照需要将水用于冷凝冲车、冲地、酒桶外壁清洗和车间打扫卫生等。国内某集团公司，将纯水生产中反渗透和前级超滤设备排放的浓水回收利用，作为工艺厂房排气洗涤塔的稀释喷淋水补水。某钢厂用反渗透技术将钢铁生产过程中的冷却水、生活废水等处理成脱盐水，并考虑将浓水用来反冲洗预处理系统中的多介质过滤器。反渗透膜透水性能的发挥与温度高低有直接的关系，膜组件标定的透水速率一般是用纯水在25℃条件下测试的。
同一离子，荷电程度高膜的脱除率高，荷电程度低则膜的脱除率低，因此pH对某些杂质的脱除率影响十分巨大。
