1、E100是一款具有卓越光学性能，合理人机学设计的正置显微镜。E100采用了尼康独有的CFI无限远光学系统，并对色差和场曲进行校正，工作距离更长，数值孔径更高。新的BE平场消色差系列物镜专为E100设计，确保在各个放大倍数下得到清晰明亮的图像。
2、数码照相系统带有位置指示标签的聚光器：聚光器上带有孔径光阑和4x、10x、40x、60x、100x物镜的位置指示标签，确保简单快速地切换物镜，得到完美的图像。
3、同轴粗/微调：同轴粗/微调旋钮位于桌平面高度，调焦旋钮和载物台手柄采用人机学设计，与操作者的距离相同，可以在正常坐姿下轻松进行调节。另外粗调的扭矩也可以调节。
4、更换简便的卤素灯：长寿命6V-20W卤素灯可以调节到6V，更换非常简便。
5、便于运输和保管：显微镜机身设计紧凑，重量很轻，只需一个储存箱就可以轻松实现E100的运输和保管。
6、相差附件：使用相差环可以在10x和40x观察到相差图像。当相差环置于光路中时孔径光阑自动打开。另外有100x的相差环和10x、20x、40x物镜的暗场环等可选附件。
7、反射镜组件：在没有电源时可以使用镜面单元。用反射镜组件替换场镜的操作非常简便。
8、新型物镜：尼康研发的新型CFI BE平场物镜的特点是对整个视场的场曲和色差进行特殊校正，专用于E100。在所有放大倍数下都可以得到清晰明亮的图像。
9、防霉设计：在物镜、目镜和目镜筒中使用防霉涂层和防霉条，避免在高湿度的环境中使用产生霉变。
10、双目和三目镜筒：E100采用Siedentopf型目镜筒，保证精确的目镜筒长度。有双目和三目两种型号。数码相机可以联机在三目镜筒上使用。
11、舒适观察：目镜筒的倾斜角为30°，在正常坐姿下可以舒适地观察样本。通过简单摆动目镜筒的前部，使用者可以调节眼点高度达34mm，找到最适合的观察高度。另外瞳间距调节和屈光度调节使之适用于多数操作者。
12、机械载物台：内置载物台可以控制XY轴的行程。载物台附件包括载玻片标本夹。
