一、成分不同：
硫基复合肥中含氯离子低，国家标准规定小于3%，且含有大量的硫元素，能有效的改善土壤缺硫症状;氯基复合肥含有大量氯元素，对一些作物有不良的影响;尿基复合肥料中氮为尿素(酰胺态氮)尿素在土壤中经土壤微生物分泌的脲酶作用，水解成碳酸铵或碳酸氢铵当水分适当时，温度越高，水解越快转达化为碳酸铵速度越快，肥效也就越快，碳酸铵很不稳定，所以施用尿基复合肥时，应深施盖土，防止氮素损失。
二、工艺不同：
硫基复合肥中氯离子含量极低，生产过程中脱去了氯离子;氯基复合肥在生产过程中没有去掉对忌氯作物有害的氯离子，因此产品中含有大量的氯元素;尿基复合肥在生产过程中把尿素制得的熔融尿液或将固体尿素加热制得的熔融尿液与氯化钾或硫酸钾配制成料浆。
三、适作范围不同：
硫基复合肥适用于各类土壤和各种作物，且能有效提高各类经济作物的外观、品质，可显著提高农产品等级;氯基复合肥对忌氯作物的产量和品质均有不良影响，严重降低该类经济作物的经济效益;尿基复合肥在生产过程中容易产生缩二脲，作种肥时，应与种肥隔离。
四、肥效不同：
硫基复合肥其硫元素继氮、磷、钾后的第四大营养元素，可有效改善土壤中缺硫状况，为作物直接提供硫元素;氯基复合肥在土壤中形成大量的氯离子的残留，易造成土壤板结、盐化、碱化等不良现象，从而恶化土壤环境使作物的养分吸收能力降低，但氯离子有促进光合作用和纤维形成等作用，对麻类等纤维作物施用尤为适宜。尿基复合肥中的氮元素施入土壤后，需转化为氨态氮和硝态氮植物才能吸收，因此在施用过程中，气温较低的地区应提前施入。
五、施用方法不同：
硫基复合肥可物基肥、追肥、种肥和根外追肥;氯基复合肥可作基肥和追肥，用基肥和种肥时在中性土壤和配性土壤上宜与有机肥、磷矿粉等配合混合使用;尿基复合肥中含有缩二脲，在施用过程中，应注意烧苗，同时施用时要深施覆土，防止氨的损失。
尿基复合肥具体适用范围要看，肥料中是含有氯离子还是硫元素，如含有氯离子适用范围按照氯基复合肥，含有硫元素尿基复合肥适用范围按照硫基复合肥的适用范围。
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