羊肚菌栽培中常会出现一些污染和病害, 这些病害会严重影响羊肚菌的产量。常见的污染有霉菌污染、细菌和酵母菌污染, 大型真菌污染以及动物虫害。
木霉污染是常见的霉菌污染, 被污染后培养料中出现绿色的致密棉团状菌落, 感染木霉的培养料应及时烧毁, 控制空气湿度, 注意通风。感染木霉的原因是菇房、耳床消毒不彻底, 接种室灭菌不严格, 高温高湿且培养料偏酸。
曲霉是栽培中的常见杂菌, 被污染后培养料中出现黄色、黑色、灰绿色等不同颜色的菌落, 感染曲霉的培养料应及时烧毁, 加强通风, 减少喷水, 可以对污染区撒石灰处理, 感染的原因是菇房、耳床消毒不彻底, 接种室灭菌不严格, 通风不良也是主要原因。
青霉是常见的杂菌, 被污染后培养料出现绿色霉斑, 栽培前菇房严格消毒, 局部发菌可用5%~10%石灰水冲洗, 高温、高湿、酸性环境利于病菌浸染。
根霉是一种形似毛霉的杂菌, 被污染时培养料中出现灰白色或灰褐色颜色的菌落, 处理方法可以用多菌灵等杀灭或抑制, 其发生的原因是菇房湿度大且通风不良。
毛霉也是常见的杂菌, 被毛霉污染后培养料中出现淡灰色颜色的菌落。毛霉污染后及时检查出, 迅速烧毁, 防止孢子扩散, 然后用0.1%多菌灵喷雾处理, 感染的原因是通风不良, 栽培地不清洁不干燥。
酵母菌和细菌污染常见于母种, 培养基表面呈膜状或粘液状, 培养料被污染时发粘发酸, 可以用1∶600次氯酸钠溶液处理污染区, 污染的原因是栽培地不清洁, 有物品腐烂且培养地高温高湿。
链孢霉是一种危险的杂菌, 培养料被污染后出现橘红色颜色的菌落, 该菌繁殖力极强, 感染后迅速烧毁, 局部污染可喷洒1∶800多菌灵处理, 该菌春季发生少, 夏秋高温高湿易发生, 可借助空气传播。
鬼伞是一种在菇房中常见的大型真菌, 菌丝白色的一种竞争性杂菌, 称为“野蘑菇”, 鬼伞出现后应及时采摘, 同时降低菇房温度, 鬼伞的污染源于菇房、耳床消毒不彻底, 接种室灭菌不严格。
蛞蝓是一种常见的农业害虫, 它将子实体咬洞, 影响其商品价值, 可以配置毒饵处理蛞蝓, 傍晚施撒, 或直在撒盐，使蛞蝓脱水而死。严重的直接用杀虫药剂防治, 出现的原因是栽培地不清洁。
蛆的污染能造成菌丝细小微弱, 且危害子实体, 造成畸形, 蛆污染时及时清除废料, 在栽培地实施常用灭蝇措施, 蛆的污染原因是场地不通风, 高温高湿。
羊肚菌下种后一般要定期喷水，保持空气和土壤湿润，可以在水中加入益富源菌菇生态宝，补充土壤益生菌，抑制病菌杂菌，减少疾病发生。
