这些存世的“建文通宝”钱是否为建文帝在位期间铸造的年号钱呢？史籍不载，后世见仁见智，争论不休。有人认为确实是建文帝铸造的年号钱，后为朱棣所销毁。朱棣夺取其侄帝位，改元“永乐”。为掩饰这段不光彩的“夺位”历史，下令消除“建文”年号。据说当时凡有“建文”字样的铜铁器物都要销毁，最能说明“建文”朝存在的“建文通宝”年号钱自然在劫难逃。
但已故著名货币史学家彭信威先生不同意上述观点，在其著作《中国货币史》中质疑曰：“若说销毁，也不至于销毁得这样干净。”他认为建文帝未曾铸钱，因为“当时（明初）一意推行宝钞，铸钱在政府看来没有什么好处。洪武时岁次停铸，甚至禁用铜钱。后来各帝也都是在即位以后许多年才开铸，所以惠帝（建文帝）不铸钱是没有什么奇怪的。”
那么存世建文钱又从何而来呢？《明史·食货志》载，嘉靖六年（公元1527年）、三十二年（公元1553年）两次补铸前朝年号钱，有人据此认为存世建文钱为嘉靖年间补铸钱。但钱币学界现在已大致认定嘉靖年间没有补铸过钱，纠正了史料的错误。
于是又有人认为这些建文钱可能是明代建文帝在位时或其后各帝在位时民间私铸的年号钱。《古钱大辞典》认为存世建文钱为伪造品，于是在其上刊载的建文钱拓图旁标注“伪品”二字，干脆否认了存世建文钱的真实性，更增添了问题的复杂性。
