1、组织架构设定：二级保密资格的保密管理员为专职岗位，三级保密资格管理员为兼职岗位(可同时兼职企业中其他岗位)。
2、保密制度：二级保密资格在制度方面，基本制度、专项制度和业务制度均为审查细目;三级保密资格只以基本制度为审查细目。
3、评分标准：二级保密资格评分标准有243项，三级保密资格评分标准有237项，各项细项的分值构成有所不同。
4、体系复杂度：二级保密资格比三级保密资格体系复杂度多13%左右。
5、资质等级：二级保密资格承接机密级项目，三级保密承接秘密级项目，二级保密资格承接的项目密级高于三级保密资格，此处可以理解为资质等级可以向下覆盖，不可向上覆盖。所以二级保密资格可以承接的项目的密级为机密级、秘密级，三级保密资格可以承接的项目的密级为秘密级。
6、保密室要求：在涉密计算机的策略配置上有所差异，二级保密资格高于三级保密资格，管理要求更加严格，口令修改时间7天与30天。
