鸡舍不经常杀菌消毒，会滋生大量有害病菌，同时，产生的鸡粪尿、饲料残渣中包含的含氮有机物、含硫有机物，在有害病菌的分解下，产生大量恶臭气体，并且，这些气体极易挥发和溶解，所以，它们的存在直接对鸡的健康产生很大影响，具体危害表现在以下几个方面：
1：呼吸系统的影响：鸡闻到臭气，会对呼吸道产生反射性抑制，甚至憋气，影响正常呼吸功能，时间长了，就会诱发呼吸道疾病。
2：消化系统的影响：经常接触恶臭气体，会让鸡食欲减退，消化功能减退。
3：循环系统的影响：长时间的呼吸恶臭气体，会让鸡脉搏和血压收到影响。
4：内分泌系统的影响：长时间接触恶臭气体会导致鸡内分泌功能紊乱。
5：恶臭的刺激会使鸡嗅觉疲劳甚至丧失。
6：精神状态的影响： 恶臭使鸡焦躁不安，精神涣散。
总之，鸡舍臭气大，环境恶劣严重影响鸡的生长和健康，无法保证肉蛋品质，但是，使用化学消毒剂对鸡圈进行消毒，需要经常清理鸡群，常清理粪便，而且不能保证持久有效，长时间使用，还会对鸡产生不良影响。目前，最受欢迎的除臭方法是采用生物除臭制剂。
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2：饮水使用：养殖em菌种兑200倍的水，进行饮用，可以改善肠道，提高免疫，降低鸡排泄物的臭味。
3：发酵饲料：使用养殖em菌种给鸡拌料使用，可以提高饲料消化吸收率，节约饲料成本，减少恶臭气体产生。
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