微波杀菌、保鲜是微波热效应共同作用结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用；而非热效应则使微生物体蛋白质和生亘活性物质变异，从而丧失活力或死亡。 因此微波杀菌温度低于常规方法，一般情况下，常规方法杀菌温度要求在100摄氏度以上，时间十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅85摄氏度，时间为几分钟，几乎能满足各种物料的杀菌需要。
，主要用于水果罐头、食品罐头、液体饮料的杀菌。
广州，微波杀菌机理：微波作用能改变生物性排列聚合状态及其运动规律，而且微波场感应的离子流，会影响细胞膜附近的电荷分布，导致膜的屏障作用受到损伤，影响Na-K泵的功能，产生膜功能障碍，从而干扰或破坏细胞的正常新陈代谢功能，导致细菌生长抑制，停止或死亡，从而产生杀菌效果。另外，细胞中的核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）在微波场力作用下可导致氢键有松弛、断裂或重组，诱发基因突变或染色体畸变，从而影响其生物活性的改变、延缓或中断细胞的稳定遗传和增殖，这也是微波杀菌的另一原因。
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