在瓜子在清洗烘干的过程中，需要进行杀菌处理，否则会生虫害。
瓜子仁微波杀菌设备是利用微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
瓜子中的虫类和菌体在吸收微波能后。使体内蛋白会受到无极性热运动和极性转动两个方面的作用，使其空间结构变化或破坏而使其蛋白质变性。蛋白质变性后，其溶解度、粘度、膨胀性、渗透性、稳定性都会发生明显变化，而失去生物活性。
可以应用的瓜子杀菌的种类很多：有葵花子、南瓜子、白瓜子、西瓜子、白瓜子、黄瓜子、丝瓜子等。瓜子有丰富的营养，烘干烤熟化，不但可以作为零食，而且还可以作为制作糕点的原料，同时也是重要的榨油原料，是高档健康的油脂来源。
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